院士專家工作站建設的指導思想是：以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，深入貫徹科學發展觀，認真落實胡錦濤總書記在紀念中國科協成立五十周年大會上的講話精神和《國家中長期人才發展規劃綱要（2010—2020年）》、國務院《關于發揮科技支撐作用促進經濟平穩較快發展的意見》、中國科協等七部門《關于動員廣大科技人員服務企業的意見》等文件精神，全面實施科教興國戰略和人才強國戰略，發揮科協組織優勢和特色，圍繞增強自主創新能力，促進建立以企業為主體、市場為導向、產學研相結合的技術創新體系建設，為我國經濟社會又好又快發展提供強有力的人才保障和智力支持。
院士專家工作站建設的基本要求是：發揮院士專家的技術引領作用，幫助企業培育科技創新團隊，集聚創新資源，突破關鍵技術制約，推動產學研緊密合作；通過建站工作進一步加強企業科協組織建設，鞏固和擴大科協組織網絡；將院士專家工作站建設納入“講理想、比貢獻”等技術創新活動之中，同部署、同推進，進一步促進企業技術創新體系建設，提高企業自主創新能力，帶動企業科技創新人才成長。
